attività libera per Farmacia "Utilizzo banche dati e sistemi bioinformatici per lo studio di proteine ed acidi nucleici |
Anno accademico 2008/2009 |
Docente Prof. Franca Cecilia VIOLA (Titolare del corso) |
Crediti/Valenza 1 CFU |
SSD dell'attività didattica BIO/10 - biochimica |
Obiettivi formativiApprendere l'utilizzo delle principali banche dati biochimiche e di biologia molecolare per lo studio delle macromolecole biologiche, sperimentare alcuni programmi bioinformatici per l'analisi di proteine ed acidi nucleici. |
Risultati dell'apprendimento attesiCapacità di reperire informazioni , confrontare strutture e proprietà delle molecole biologiche. |
ProgrammaPARTE IIndirizzi di alcune banche dati utili e crezione di una cartella nei preferiti di explorer contenente gli indirizzi Principali risorse NCBIUtilizzo di BLAST Esercitazione pratica: Data una breve sequenza aminoacidica individuare la proteina umana in cui detta sequenza compare e descriverne le caratteristiche strutturali e funzionali, cercando le informazioni reperibili in banche dati: FUNZIONE, PESO MOLECOLARE, PUNTO ISOELETTRICO, POSSIBILITA’ di ottenere FRAMMENTI mediante reattivi o proteinasi (utilizzando il programma “peptide cutter”). Se la proteina è un enzima, utilizzando la banca dati BRENDA indicare substrato e prodotto della reazione enzimatica, Km ed almeno un inibitore (e relativo riferimento bibliografico). Utilizzando il programma di allineamento Multalin eseguire l’allineamento con le proteine omologhe di almeno un altro mammifero e, se presenti, di un fungo e di un batterio e riportare nella relazione la sequenza consenso più lunga. PARTE IIBanca dati OMIM e banche dati di genomi completi
Esercitazione pratica: Cercare la proteina individuata nella prima parte nella mappa del genoma umano (NCBI) ed individuare il cromosoma ed il nome del gene . Utilizzando nome e sigla del gene cercare l'esistenza di un gene omologo nei genomi di topo e ratto ed indicare su quali cromosomi il gene è situato in questi genomi. Riportare i riferimenti bibliografici principali riguardanti il gene e la struttura della proteina se nota. Indicare, se note , mutazioni del gene osservate in situazioni patologiche. Cercare la sequenza del mRNA o la sequenza codificante e progettare dei primers adatti per l’anplificazione in PCR (utilizzando il programma PRIMO od altro programma per la progettazione di primers, indicando le relative estremità 5’ e 3’ e la Tm. Allineamento di sequenza codificante e primers per individuare le posizioni a cui i primers si legheranno sulla sequenza codificante e riportarle nella relazione. Analisi della struttura del cDNA con il webcutter e siti unici di restrizione. |
NoteL'attività libera per l'A.A. 2008-2009 si svolgerà nei giorni: lunedì 12/01/09 e lunedì 19/01/2009. Gli studenti iscritti saranno suddivisi in 2 turni:1° turno: Lunedì 12/01/09 ore 9-12,30 - Lunedì 19/01/09 ore 14-17,30 2° turno: Lunedì 12/01/09 ore 14-17,30 - lunedì 19/01/09 ore 9-12,30 ATTENZIONE! A partire da oggi, Lunedì 22 dicembre 2008 è ancora possibile registrarsi ma i posti sono disponibili solo nel I turno. |