Attività libera - Internet: guida all'uso e all'applicazione di strumenti chemo e bioinformatici
AA 2023/2024
Scheda del corso
Mutuato da
Moduli
Obiettivi e risultati
Indurre gli studenti ad un utilizzo critico e consapevole del Web. Fornire una lista di alcuni siti Web di fondamentale rilevanza per il loro corso di studi L'apprendimento è verificato tramite la presentazione di due relazioni scritte, una per la prima parte ed una per la seconda parte. In aula (prima parte) e online (seconda parte) L'apprendimento è verificato tramite la presentazione di due relazioni scritte, una per la prima parte ed una per la seconda parte.
Programma
- Italiano
- English
Parte I : Banche dati e strumenti bioinformatici per lo studio di proteine ed acidi nucleici
Indirizzi di alcune banche dati utili.
Descrizione delle principali risorse NCBI e del programma BLAST. Utilizzo di BLAST per individuare la proteina cui appartiene una breve sequenza aminoacidica. Individuazione proteine omologhe. Allineamento sequenze proteiche. Caratterizzazione biochimica chimico-fisica della proteina (funzione, implicazione in vie metaboliche ,dimensioni, presenza di domini conservati, eventuali siti di glicosilazione, di fosforilazione di taglio per proteasi).
Banca dati Map viewer e OMIM. Ricerca della proteina individuata nella prima parte nella mappa del genoma umano (MAP VIEWER, NCBI) e individuazione del cromosoma, del nome del gene, della posizione sul cromosoma. Caratterizzazione del gene utilizzando le opzioni cyto, gene seq, dl, snp, STS, OMIM, hm, ev. Ritrovamento della sequenza completa di mRNA, analisi della ed identificazione di una coppia di primers idonei ad amplificare il gene in PCR (programma “pick primers” di BLAST).
Analisi della struttura del cDNA con il WEBCUTTER: ritrovamento siti unici di restrizione. Inserimento del cDNA in un plasmide per la clonazione.
Parte II: Ricerca, calcolo ed analisi di descrittori molecolari in uso nel processo del drug discovery
Strategia da utilizzare per una consultazione critica e proficua dei siti web. Indirizzi di siti web utili per la ricerca e il calcolo di descrittori molecolari di interesse farmaceutico relazionabili al profilo ADME di alcuni farmaci e candidati farmaci. Analisi grafica dei dati trovati tramite opportuni strumenti informatici: grafici semplici e complessi.
Testi consigliati
La sitografia di riferimento è fornita durante le lezioni
Nota
- Italiano
- English
Non è richiesto alcun prerequisito per accedere al corso
La prima parte del corso prevede 8 ore di lezione ed esercitazioni pratiche al computer in aula informatica.
La seconda parte del corso è erogata in modalità e-learning e non prevede presenza in aula.
Le modalità di iscrizione al corso verrano comunicate durante il mese di Settembre