Attività libera - Internet: guida all'uso e all'applicazione di strumenti chemo e bioinformatici

Indurre gli studenti ad un utilizzo critico e consapevole del Web.

Fornire una lista di alcuni siti Web di fondamentale rilevanza per il loro corso di studi

Encouraging students to use the Web in critical way

Provide a list of some websites of fundamental importance for their course of study

Parte I : Banche dati e strumenti bioinformatici per lo studio di proteine ed acidi nucleici

Indirizzi di alcune banche dati utili.

Descrizione delle principali risorse NCBI e del programma BLAST. Utilizzo di BLAST per individuare la proteina cui appartiene una breve sequenza aminoacidica. Individuazione proteine omologhe. Allineamento sequenze proteiche. Caratterizzazione biochimica chimico-fisica della proteina (funzione, implicazione in vie metaboliche ,dimensioni, presenza di domini conservati, eventuali siti di glicosilazione, di fosforilazione di taglio per proteasi).

Banca dati Map viewer e OMIM. Ricerca della proteina individuata nella prima parte nella mappa del genoma umano (MAP VIEWER, NCBI) e individuazione del cromosoma, del nome del gene, della posizione sul cromosoma. Caratterizzazione del gene utilizzando le opzioni cyto, gene seq, dl, snp, STS, OMIM, hm, ev. Ritrovamento della sequenza completa di mRNA, analisi della ed identificazione di una coppia di primers idonei ad amplificare il gene in PCR (programma “pick primers” di BLAST).

Analisi della struttura del cDNA con il WEBCUTTER: ritrovamento siti unici di restrizione. Inserimento del cDNA in un plasmide per la clonazione.

Parte II: Ricerca, calcolo ed analisi di descrittori molecolari  in uso nel processo del drug discovery

Strategia da utilizzare per una consultazione critica e proficua dei siti web. Indirizzi di siti web utili per la ricerca e il calcolo di descrittori molecolari di interesse farmaceutico relazionabili al profilo ADME di alcuni farmaci e candidati farmaci. Analisi grafica dei dati trovati tramite opportuni strumenti informatici: grafici semplici e complessi.

Part I : biological databases and bioinformatic tools for studying proteins and nucleic acids.

Databases addresses-  Tools available at NCBI  ( MAP VIEWER, OMIM, Pub-Med) -  How to use BLAST: protein sequence search, homology, alignment-    -Tools for   Bio-chemical and bio-physical characterisation of proteins (ExPASy proteomic tools).

Tools for molecular biology and cloning (WEBCUTTER, BLAST “pick primers”, vector databases).

Part II: Research, calculation and analysis of molecular descriptors used in the process of drug discovery

Strategy for a critical and profitable consultation of websites. List of websites for the calculation of molecular descriptors of pharmaceutical interest mainly related to the ADME profile of drugs and drug candidates. Graphical analysis of the data found using appropriate tools: simple and complex graphics.

La sitografia di riferimento è fornita durante le lezioni

The reference lists of websites is provided during the lessons

Non è richiesto alcun prerequisito per accedere al corso

La prima parte del corso prevede 8 ore di lezione ed esercitazioni pratiche al computer in aula informatica.

La seconda parte del corso è erogata in modalità e-learning e non prevede presenza in aula.

Le modalità di iscrizione al corso verrano comunicate durante il mese di Settembre

No prerequisites are required to access the course

The first part of the course consists of 8 hours of lessons and practical exercises on the computer in the computer lab.

The second part of the course is delivered through e-learning and has no presence in the classroom.

 Mode of entry to the course will be given in September